Sau phương đình chính là ngôi mộ của Cụ Sáu, tổng công trình sư của nhà thờ Phát Diệm. Có điều tôi thấy phân vân là bia mộ quay ra cổng, tức là mộ đặt đầu quay ra cổng, chân quay vào nhà thờ chính. Và người đứng trước mộ cũng quay lưng lại nhà thờ chính.
Từ Phương đình nhìn qua sân là năm khung cửa của nhà thờ chính, với ba gác mái cong phía trên. Gác chính giữa, đỡ thập giá là bốn thiên thần, bên dưới có 4 chữ hán : "Thẩm phán tiền triệu", nghĩa là điềm báo trước ngày phán xét (ngày Tận thế, Thiên Chúa sẽ phán xét).
Trên vòm cửa chính giữa là bức điêu khắc đá lớn và đẹp nhất của nhà thờ, với rất nhiều các đóa hoa hồng, các thiên thần. Tấm đá này nặng hàng chục tấn.
Bên dưới các khung cửa là gian đầu tiên của nhà thờ chính, nơi để kiệu thánh trong lễ rước kiệu.
